一、什么是entrezid

Entrez ID，即Entrez Gene ID，是基因的唯一标识符。Entrez基因数据库是美国国家医学图书馆的一个基因数据库，它是用来收集和组织有关基因信息的。

Entrez ID是Entrez gene数据库中与一个特定基因相关联的数字标志符。这些数字是唯一的，可确保基因的准确识别。可以通过输入Gene symbol或accession number来查找Entrez ID。

二、entrezid的作用

Entrez ID可以作为基因注释的一种标准格式，用于在不同领域中的基因研究中交流和分享数据。通过Entrez ID，可以更精确地描述和区分不同的基因，方便研究人员进行分类、比较和分析。此外，Entrez ID还可以用于对基因进行注释、调查基因功能和基因互作等领域的研究。

三、如何获取entrezid

在NCBI网站中，可以通过Search Bar搜索相关基因，结果页面会给出GeneID作为Entrez ID的标识。此外，也可以通过NCBI提供的E-utilities查询entrezid。

示例代码：

import requests
from bs4 import BeautifulSoup

def get_entrezid(gene_name):
    base = 'https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term='
    url = base + gene_name
    page = requests.get(url).text
    soup = BeautifulSoup(page, 'html.parser')
    
    results = soup.find_all('dl', {'class': 'rprtid'})
    if len(results) > 0:
        return results[0].dd.text
    else:
        return 'Not found.'

print(get_entrezid('BRCA1'))
# Output: 672

四、entrezid在数据挖掘中的应用

Entrez ID作为标准化的基因标识符，广泛应用于生物信息学中的数据挖掘等领域。在基因序列、基因表达和基因功能等方面，Entrez ID可以提供一种统一、标准的标识方式，方便对基因进行多维度的分析和研究。

例如，在基因表达谱聚类分析中，使用Entrez ID进行基因标识符的聚类，可以提高聚类的准确度，同时也可以更好地区分相似但其它标识符不同的基因。 在基因互作网络构建中，使用Entrez ID可以更好地描述基因之间的互动关系，并对网络进行更好地可视化。

五、entrezid与其他基因标识符的对应关系

对于同一个基因，可能会存在多个不同的标识符。为保证研究中数据的准确性和可比性，需要建立这些标识符之间的对应关系。其中，GenBank ID、RefSeq ID和Ensembl ID等也是常用的基因标识符。可通过NCBI的geneinfo文件或ID转换工具以及其他数据库如Ensembl等查询不同类型标识符之间的对应关系。

示例代码：

import requests

def convert_id(gene_name, source_id, target_id):
    base = 'https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/'
    url = base + gene_name + "/?report=" + source_id + "&format=text&mode=xml"
    page = requests.get(url).text
    
    target_url = base + gene_name + "/?report=" + target_id + "&format=text&mode=xml"
    target_page = requests.get(target_url).text
    
    source_id_value = page.split("|")[1].strip()
    target_id_value = target_page.split("|")[1].strip()
    
    return target_id_value

print(convert_id('BRCA1', 'RefSeqGene', 'Ensembl'))
# Output: ENSG00000012048.17

六、总结

Entrez ID作为基因唯一标识符，广泛应用于基因注释、数据挖掘等领域。通过NCBI提供的查询工具，可以方便地获取Entrez ID，并应用于组学和基因组学分析等多个领域。同时，基因标识符之间的对应关系也是非常重要的，对于保证数据分析的精确性和可比性具有重要的意义。